特定のサイトだけプロキシサーバーを経由させる方法

プロキシ自動設定ファイル(PAC)を作ることで、特定のドメインに対してのみ、プロキシを経由させる等のことができるようになります。

書き方

function FindProxyForURL(url, host) {
if (host == "hoge.hogehoge.com"){return "PROXY hogeproxy:8080";}
else
return "DIRECT";}

簡単なif文を使った構成です。
hoge.hogehoge.comに対してはプロキシサーバーhogeproxy:8080を経由した通信になり、他の通信に対しては直接接続になります。
複数のルールを追加する場合は、ifををelseの前に書き足してください。

このファイルをproxy.pacとして保存し、ブラウザ側からはプロキシ自動設定ファイルでこのファイルを指定すれば使用できます。

iphoneなどのローカルにproxy.pacを置けない場合は、dropboxなどに置き、ファイルの直リンクを貼れば良いでしょう。
参照
Dropboxでファイルの直リンクを作る方法

PACは、正規表現を用いて色々なルールを設定できます。気になる方は下記のページを参照してください。
プロキシ Pac ファイルとそのサンプルについて
http://www.cisco.com/cisco/web/support/JP/112/1124/1124620_118076-configure-wsa-00.html