2020年12月30日水曜日

COVID-19ワクチンについて

2021年1月23日追記

厚労省にて接種に関する特設ページが開設かれたようです。接種概要についてはこちらをご覧ください。

副反応が出た時の救済制度もあります。


COVID-19ワクチンについて2020年3月より国内摂取が始まるようなので、それに向けての情報忘備録。(必ず厚労省サイト新型コロナウイルス感染症のワクチンについてページなどの公的機関の情報を参照してください)

免疫系統のことやワクチンの仕組みについてはこの動画が非常にわかりやすいので必見です。



 また、実際の新型コロナに対するワクチンの効果や副反応はどうなの?という内容はこちらにまとまっています。
 
 
上記動画で紹介されている今回の臨床試験論文はこちらになります↓
 
摂取する上での個人的な要点を書き出すと、
今回のワクチン(ファイザー、モデルナ)は、ウイルスが細胞に侵入するときに使う「スパイク蛋白」の部分のRNA(遺伝情報)を使っている。
このワクチンを注射すると、ヒトの細胞内でウイルスのスパイク蛋白の部分が作られる。すると、これを排除するための免疫が働き、スパイク蛋白に対する抗体を獲得できる。そして、この抗体があれば、新型コロナウイルスが入ってきた時も迅速に排除できる。
このRNAからウイルス全体を復元することはできず、このワクチンによって新型コロナに感染することはない。(動画位置29:41)

治験はコロナに罹ったことのない16歳以上の健常者3万6千人で行った。
そのうちワクチン群、プラセボ群でそれぞれ約1万8千人ずつ投与を行い、男女比は50%、白人が80%、黒人が10%、アジア人が4%組み入れられている。(動画位置36:30)
 
ワクチン接種後7日目以降から効果が出始め、有効性は人種や性別、年齢によるバラツキがあまりなく、90%程度であった(プラセボ群に比べて、ワクチン群の方が感染者や重篤者数が9割少なかった)(動画位置38:09)
 
ワクチンの有害事象は、
痛み:8割
倦怠感:5割
頭痛:5割
寒気:3割
筋肉痛:3割
関節痛:2割
 程度で見られた(いずれも軽症~中等度)。2回接種のワクチンで、1回目と2回目で割合違うのですがおおよその平均値を書いています。(動画位置40:47)

ワクチン群で見られた重い有害事象は18000人中4人(ワクチンとの因果関係は不明)。
  • ワクチン接種側の肩の激痛
  • 右脇のリンパ節の腫脹
  • 発作性不整脈
  • 右足の感覚異常
亡くなった人はワクチン群で2人、プラセボ群で4人(治験者3万6千人以上の人数なので、ワクチン関係なく何もしなくてもこういう有害事象は確認される)。(動画位置42:56)
 
今後の課題等
3ヶ月の治験データなので、今後免疫が年単位で持続するかはわからない。
また、長期的な安全性は確認されていないが、そもそもワクチンの成分自体は長期間体内に残るものでも無い。
 
その他このワクチンに関する情報はこちらのページもどうぞ。
[翻訳] BioNTech/Pfizer の新型コロナワクチンを〈リバースエンジニアリング〉する
今回使われたmRNAワクチンの仕組みなどが書かれています。
 
2020年12月27日の情報でコロナ変異株にワクチンは効くのかは下記記事をどうぞ。
 
ワクチン接種は国内承認されてから正規ルートで摂取しないと、副反応があった時に国の健康被害救済制度が受けられないため、国内承認を受けてから正規ルートで受けましょう。

2020年11月27日金曜日

ビデオ会議やWebセミナーで、撮影済みの動画を映しながら外出先から参加する方法

緒言

昨今、コロナ禍において様々な会議やセミナーがWeb上で開かれている。
社会人たるもの、こうした自分のミーティングに出席するのは当然の義務であるが、人間誰しも止むに止まれぬ事情が入り、出られないこともあり得る。

今回はそういった緊急事態において、Webミーティングで自分自身の動画をループ再生しつつ、外出先からミーティングを低遅延で視聴し、緊急時には発言でき、ミーティング内容を録画しておく方法を紹介する。

用意するもの

・自身の撮影済み動画
VLC

方法

①スーツ姿の自分自身を撮影した1分間程度の動画を用意し、自宅PCでOBSを立ち上げ、ループ再生し仮想カメラでWeb会議ソフトに流す。(OBS Studio Ver26.0でVirtualCamを使う方法(Zip版)を参照)
②外出先から視聴する際は、nginx(OBS用カスタマイズ版) を立ち上げ、配信用にもう一つOBSを多重起動し、会議画面を録画しながらRTMPでnginxに配信し、スマホやタブレットからVLCを使って視聴する。
(VLCのネットワークストリームから"rtmp://自宅PCアドレス:ポート/live/livekey"にアクセス)
③発言する際は、MicrosoftのRDPクライアントでPC上のWeb会議ソフトを遠隔操作し、発言を行う。

注意点

外出先からセミナー視聴と遠隔操作による発言を行うため、OBSでRTMPで配信するUDPポートと、RDPで遠隔操作するためのTCPポートを開放しておく(ルータのポートマッピングとPCのファイヤーウォールを設定しておく)。
ポートを変更する場合は、上記nginxのnginx.confファイルを開きrtmpServerのListenポートを変更し、OBSでの配信ポートとnginxのListenポートを合わせておく。
長時間の外出の際、万一自宅のIPアドレスが変わっても対応できるようにDDNSに登録しDiceで自動更新するよう設定する。それと自宅PCのIPアドレスもスマホに控えておく。(とにかくRDPでの遠隔操作だけはできるように環境を整えておく)
RDPで遠隔操作後はRDPセッションを切断するとOBS配信も途絶えるため、繋ぎっぱなしにしておく。(VLC視聴用スマホとは別に、タブレットがあると良い)
RDPで入り直した後はWebexの場合、一旦音声が入らなくなるので「音声に接続をクリック→コンピュータ通話を使用」する。
OBSで配信するときのビットレートは、スマホからの視聴を考えると映像で1700kbps、音声で96kbps程度が目安だと思われる。

自宅PC側でミーティングに自身の撮影済み映像を流すとき、ZoomではOBSの仮想カメラが使えたが、WebexではデスクトップアプリでOBSの仮想カメラが使えなかった為、ブラウザーから会議に参加しOBSの仮想カメラを使う。(ブラウザからは使える)

録画はくれぐれも参加者の許可を得てから行うこと。自身のスマホへの配信においても上記手順ではセキュリティー上非常に脆弱なので(本来VPNで自宅内LANに接続し視聴する等の策を講じなければならない)、機密内容を含むミーティングで決して使わないこと。

考察

本来であればスマホからRDPを使って視聴できれば楽で、これに越したことはないのだがプロトコルの仕様上、動画の閲覧に適してないのでカクついてしまう。
また、PC側で自身の映像を流し、視聴はスマホから行っても良いのだが、それだと会議に音声と映像で2つ自分のアカウントが存在し不自然になる。
これらを解決するため、OBSで会議のウィンドウをキャプチャして配信し、その際RTMPを使うことでラグを最小限に抑え(実測4秒程度)、なおかつRDPで繋いでおくことで、緊急時には発言できるようにする。(発言の際には映像と音声が食い違うことになるが、回線の調子が悪いなどうまく言い訳をする)
 

参考

ビデオ会議やオンライン飲み会で、カメラにしれっと撮影済み動画を映す方法(OBSでループ再生しながらWeb会議ソフトに流す方法はこちらに)
 
OBS Studio Ver26.0でVirtualCamを使う方法(Zip版)
https://note.com/shitaper/n/n0e5154f6d786

OBSを独自ストリーミングする方法
 
追記
ここまで書いておきながらなんだが、ノートPCがあればスマホでテザリングしながらノートPCでOBSの仮想カメラで自身のループ動画を流し、会議の参加もそちらからすれば良かった。

2020年8月27日木曜日

Youtube検索結果に評価割合を表示する

Youtubeを見るとき、釣り動画が交じって無駄な時間を過ごすことがある。それを回避するためYoutubeの検索結果などで出るサムネに、高評価・低評価の割合を出すようにする方法を紹介する。

方法
Firefoxのアドオン「Thumbnail Rating Bar for YouTube™」をインストールし、YoutubeAPIを有効化する。 

YoutubeAPIキーの取得については、こちらのサイトを参照してください(投げやりですみません、時間が取れるときに記事書きます)
 
APIキーを取得したら、設定でAPIキーを入力する。

 すると、検索結果で高評価、低評価の割合が表示される。


2020年7月16日木曜日

記憶域プールでこのディスクは書き込み禁止になっていますと出てしまう時の解決法

ハードディスク書き込み時にエラーが起きたりして、記憶域プールの書き込みがロックされてしまうことがある。その場合の対処方法(引用記事)。

1. コマンドプロンプトを管理者モードで起動。

2. 「diskpart」と入力し、Enter。

3. 「list disk」と入力し、Enter。

4. 「select disk #(例:select disk 1)」を入力して、書き込み禁止になっているディスクを選択し、Enter。

5. ディスクのプロパティを変更して読み取り専用にならないようにするには、「attributes disk clear readonly」と入力し、Enter。

6. 「exit」を入力し、Enterキーを2回押して、Diskpartとコマンドプロンプトを連続して終了。

引用
https://www.diskpart.com/jp/windows-10/the-disk-is-write-protected-windows-10.html

2020年6月23日火曜日

記憶域プール障害発生時のGUIでの復元方法

Windows10のパリティに於いて、障害発生時の復元方法を試してみた。
手順としては、
①壊れたHDDとは別のポートに新たにHDDをつなぐ(SATAが埋まっていたらUSBでも良い)
②コントロールパネル→記憶域の管理からドライブの追加→新しいHDDを追加(再構築が完了するまで待機)
③壊れたHDDを記憶域の管理から削除し取り出す。
④一度シャットダウンし、別の場所に繋いだHDDを元のあるべき場所につなぎ直して再起動。
⑤ドライブの最適化を行う(しなくても良いかも)
上記手順で、GUIから記憶域プールの復元ができる。(Windows10バージョン1909で確認)

追補
多くの人が、壊れたHDDを取り出して、同じポートに新しいHDDを繋いでしまうと思うが、それだとドライブの追加ができない。詰んだかと思われるが、別のポートに繋ぐことで、壊れたHDDを取り出してしまった後でも上記手順で対応できる。(空のポートに対して上記手順③記憶域からの削除を行う)


2020年6月11日木曜日

100g以下の折り畳み傘はhands+ 超軽量簡単開閉折りたたみ傘一択となった。

いよいよ梅雨のシーズンに突入したが、折り畳み傘を物色していて衝撃を受けた。
まずはこれを見て欲しい。

遂に、自動開閉式で100gを切る時代に突入したのだ。
以前100g以下の折り畳み傘を購入した時は骨組みをポキポキ手動で折るタイプしかなく(それでもその軽さには感動した)、当時の自動開閉式での最軽量は135gの小宮商店のものだった。
しかし時代は変わった。

もうオールシーズンで99gのhands+の超軽量簡単開閉折りたたみ傘一択だ。間違いない。
しかもUVカットも90%以上あるので日傘としても使える。
ソーシャルディスタンスを保つ意味でも日傘は使えるし、是非読者の方はこの傘を鞄に常備し快適に梅雨シーズンを過ごして欲しい。
靴については、ゴアテックス+ヴィブラムソールのMOAB FST 2 GORE-TEXが使っていていい感じ。防水透過性があり、ハイキングシューズなので歩きやすい。

2020年5月5日火曜日

COVID-19患者のSARS-CoV-2検出には、唾液の方が鼻咽頭スワブよりも感度が高いという論文和訳

少し前に有名になった、COVID-19患者のSARS-CoV-2検出には、唾液の方が鼻咽頭スワブよりも感度が高いという論文についてDeepL翻訳して手直ししたのでメモとして残しておきます(問題あったら消します)。

なお、この論文はプレプリントであり、査読を受けていません。この論文は、まだ評価されていない新しい医学研究を報告しているため、臨床実践の指針とすべきではありません。2020年5月5日現在。→アクセプトされ、2020年8月28日にNEJMで公開されました。

翻訳元
Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs

タイトル
COVID-19患者のSARS-CoV-2検出には、唾液の方が鼻咽頭スワブよりも感度が高い

要旨
迅速かつ正確な SARS-CoV-2 診断検査は、進行中の COVID-19 パンデミックを制御するために不可欠である。COVID-19 診断のための現在のゴールドスタンダードは、鼻咽頭スワブからの SARS-CoV-2 のリアルタイム RT-PCR 検出である。しかし、感度の低さ、医療従事者への曝露リスク、および世界的な綿棒および個人用保護具の不足により、新しい診断アプローチの検証が必要とされている。唾液は SARS-CoV-2 診断法の有望な候補である。その理由は、(1)採取が低侵襲であり、確実に自己投与が可能である事(2)唾液は、以前の研究では、流行性のヒトコロナウイルスを含む他の呼吸器病原体の検出において、鼻咽頭スワブに匹敵する感度を示した事 である。SARS-CoV-2 検出のための唾液の使用を検証するために、我々 は COVID-19 患者と COVID-19 病棟の医療従事者から自己採取したサンプルを確認した COVID-19 からの鼻咽頭および唾液サンプルをテストした。患者にマッチした患者の鼻咽頭および唾液サンプルからの SARS-CoV-2 検出を比較したところ、唾液の方が検出感度が高く、感染の経過を通して一貫性があることがわかった。さらに、我々は唾液の自己サンプル収集の変動が少ないことを報告する。まとめると、我々の調査結果は、唾液が実行可能で、鼻咽頭スワブのより敏感な代替であり、正確で大規模な SARS-CoV-2 テストのための自宅での自己投与サンプル収集を可能にする可能性があることを示している。

序論
COVID-19パンデミックの原因となる新型コロナウイルスであるSARS-CoV-2を制御するための努力は、正確で迅速な診断検査に依存している。これらの検査は、(1)効果的な自己隔離を促進し、ハイリスクグループ内での感染を減少させるために、軽症および無症候性の感染に対して感度が高く、(2)病気の進行を確実にモニターし、臨床的な判断を助けるために一貫性があり、(3)社会的な距離の取り方が安全に緩和される場合など、地域および国の公衆衛生政策に情報を提供するために拡張可能でなければならない。しかし、現在の SARS-CoV-2 検査戦略は、リアルタイム RT-PCR のために広く推奨されているサンプルタイプとして鼻咽頭スワブに依存していることもあり、これらの基準を満たしていないことが多い。
鼻咽頭スワブは呼吸器ウイルス診断に一般的に使用されているが、感染初期の SARS-CoV-2 検出には比較的感度が悪く、連続検査では一貫性がない。さらに、鼻咽頭スワブの採取は、手順が侵襲性であるために患者に不快感を与え、繰り返し検査のコンプライアンスを制限し、患者のくしゃみや咳を誘発してウイルス粒子を排出するため、医療従事者に大きなリスクをもたらす。また、医療従事者のための綿棒や個人用保護具が広く不足しており、鼻咽頭綿棒の自己採取は困難であり、ウイルス検出の感度が低いため、この方法は大規模な検査には適していない。これらの課題は、COVID-19のパンデミックが低所得国で激化するにつれて、さらに悪化することが予想される。これらの限界を考えると、より信頼性が高く、資源をあまり消費しないサンプル採取方法、理想的には家庭での自己採取を可能にする方法が緊急に必要とされている。

唾液サンプリングは、唾液の収集が非侵襲的で自己投与が容易なので、鼻咽頭スワブに代わる魅力的なものである。鼻咽頭と唾液の RT-PCR 検出のための鼻咽頭と唾液のコンコーダンスの分析は、2 つの季節性ヒト コロナウイルスを含む呼吸器病原体の検出のため、2 つのサンプル タイプ間の同等の診断感度を示唆している。予備的な知見は、(1)SARS-CoV-2はCOVID-19患者の唾液から検出することができ、(2)自己採取した唾液サンプルは、軽度および不顕性COVID-19症例から医療従事者によって収集された鼻咽頭スワブと同等のSARS-CoV-2検出感度を持っていることを示している。しかし、決定的なことに、鼻咽頭スワブに対する唾液中の SARS-CoV-2 検出感度の厳密な評価は、COVID-19 感染の経過中の入院患者からは行われていない。

この研究では、COVID-19感染の入院患者およびCOVID-19曝露の中等度から高リスクの無症候性医療従事者から収集した対になった鼻咽頭スワブおよび唾液サンプルにおけるSARS-CoV-2検出を評価した。我々の結果は、SARS-CoV-2検出のために唾液を使用することは、鼻咽頭スワブを使用するよりも感度が高く、一貫性があることを示している。
全体的に、我々は、唾液がCOVID-19検査の要求を軽減するための信頼性の高いサンプルタイプとして考慮されるべきであることを示している。

結果
入院患者の鼻咽頭スワブよりも唾液から検出されたSARS-CoV-2価の方が高い 。
唾液が米国CDCの推奨する使用方法と同様の性能を発揮するかどうかを判断するには
SARS-CoV-2 診断のために鼻咽頭スワブを採取し、COVID-19 入院患者 44 名から臨床サンプルを採取した(表 1)。このコホートは重症の COVID-19 患者の範囲を表しており、2020 年 4 月 5 日現在、集中治療を必要とする 19 例(43%)、機械的換気を必要とする 10 例(23%)、および死亡した 2 例(5%)であった。米国のCDC SARS-CoV-2 RT-PCRアッセイを用いて、自己採取した121人の唾液または医療機関のこのコホートから、ワーカーが投与した鼻咽頭スワブを採取した。我々は、以下のような強い米国CDCの "N1 "と "N2 "のプライマープローブセット(拡張データ図1)の一致を確認したため、"N1 "セットのみを用いてウイルス力価(ウイルスコピー/mL)を算出した。
1)を用いて、"N1 "セットのみを用いてウイルス力価(ウイルスコピー/mL)を計算しました。すべての陽性サンプル(n = 46の鼻咽頭、37の唾液)から、我々は、唾液からの幾何学的平均ウイルス力価が鼻咽頭スワブよりも約5⨉高いことを発見した(p < 0.05、Mann-Whitney検定、図1a)。患者とマッチした鼻咽頭および唾液サンプル(各サンプルタイプの n = 38)のみに分析を限定すると、唾液からの SARS-CoV-2 の力価が鼻咽頭スワブよりも有意に高いことがわかった(p = 0.0001、Wilcoxon 検定、図 1b )。さらに、我々は 8 つの一致するサンプルから唾液から SARS-CoV-2 を検出したが、鼻咽頭スワブからは検出しなかった(21%)一方で、我々は 3 つの一致するサンプルから唾液ではなく鼻咽頭スワブからのみ SARS-CoV-2 を検出した(8%、図 1c)。全体的に、入院患者の鼻咽頭スワブよりも唾液からの SARS-CoV-2 の力価が高いことがわかった。

表 1. COVID-19入院患者コホートの特徴


 

図 1. SARS-CoV-2 の力価は、入院患者からの鼻咽頭スワブよりも唾液中の方が高い。( a ) すべての陽性の鼻咽頭スワブ ( n = 46) と唾液サンプル ( n = 39) を Mann-Whitney 検定 ( p < 0.05) で比較した。棒グラフは中央値と95%CIを示す。米国CDC "N1 "アッセイを使用してSARS-CoV-2のための我々のアッセイ検出限界は、サンプルの5,610ウイルスコピー/mLに対応するサイクル閾値38である(点線と灰色の領域として示されている)。( b ) 患者にマッチしたサンプル(n = 38)を、接続線で表され、Wilcoxon検定(p < 0.05)で比較した。( c ) 患者一致標本(n = 38)も散布図で表されています。生のサイクルしきい値を含む、この図を生成するために使用されたすべてのデータは、補足データ1に記載されています。拡張データ 図1は、US CDCアッセイ "N1 "と "N2 "の結果の間の相関関係を示している。

入院患者の唾液を検査した場合のSARS-CoV-2の時間的変動の少なさ
鼻咽頭スワブからの一時的な SARS-CoV-2 診断テストは可変性があると報告されているため、我々は入院患者からの縦断的な鼻咽頭および唾液サンプルをテストし、どちらのサンプルタイプがより一貫した結果を提供するかを決定した。複数の鼻咽頭スワブを採取した22名と複数の唾液サンプルを採取した12名の参加者から、SARS-CoV-2の力価は一般的に両方のサンプルタイプで症状発症日の報告後に低下することがわかった(図2a)。我々の鼻咽頭スワブの結果は、SARS-CoV-2の力価と結果が変化するという以前の報告と一致している:我々は、参加者の鼻咽頭スワブがSARS-CoV-2の陰性であった5つのインスタンスを発見し、その後、次のコレクション中に陽性の結果が得られた(5/33リピート、33%; 図2b)。しかし、12人の患者からの縦断的な唾液採取では、サンプルが陰性で、その後に陽性結果が出た例は無かった。真の陰性の検査結果は、臨床家が患者の改善を追跡し、退院に関する意思決定をするために重要であるように、我々のデータは、唾液は、SARS-CoV-2価の時間的変化を監視するための鼻咽頭スワブよりも一貫性のあるサンプルタイプであることを示唆している。

 図 2:SARS-CoV-2 の検出は、唾液を用いた繰り返しのサンプル採取の間で変動が少ない。
a)唾液または鼻咽頭スワブからの縦断的な SARS-CoV-2 の力価は、症状発症からの日数として示されている。各円は個別のサンプルを表し、破線で同じ患者からの追加サンプルに接続されている。米国CDC "N1 "アッセイを使用したSARS-CoV-2のアッセイ検出限界は、サンプルの5,610ウイルスコピー/mLに対応するサイクル閾値38にある(点線と灰色の領域として示されている)。( b ) データはまた、収集ポイント間のウイルス力価の違いを強調するために、サンプリングの瞬間(連続した収集時間)によって示されている。生のサイクル閾値を含む、この図を生成するために使用されたすべてのデータは、補足データ1に記載されている。


唾液を使用した医療従事者からのより一貫性のある自己サンプリング
不顕性SARS-CoV-2感染症の検出のための唾液の検証は、遠隔患者診断と医療従事者の監視の両方のために変革的であることを証明することができる。これを調査するために、私たちは 98 人の無症状の医療従事者を私たちの研究に登録し、唾液および/または鼻咽頭スワブを平均 2.9 日ごとに収集した (範囲 = 1~8 日、表 2 )。今日までに、我々は、米国CDC "N1 "と "N2 "テストの両方を使用して鼻咽頭スワブによって陰性であり、任意の症状を報告しなかった2人の医療従事者からの唾液中のSARS-CoV-2を検出した。これらの個人の1人からの唾液は、2日後の再検査時に一致する陰性の鼻咽頭スワブと一緒に再び陽性をテストした。無症状の医療従事者の唾液からのウイルス力価は、私たちが一般的に症状のある入院患者から検出するものよりも低くなっている(図3a)、これはおそらく症状が出ていないことを裏付けていると思われる。


我々の限られたデータでは、唾液は無症状または無症状前の感染症を検出するためにより感度が高いかもしれないことを支持している;しかしながら、確認するためにはより大きなサンプルサイズが必要である。鼻咽頭スワブのサンプリングの不一致が偽陰性のための潜在的な問題の 1 つであるかもしれないように ( 図 2 )、適切なサンプルの収集のための内部管理、ヒト RNase P を監視し、代替の評価技術を提供する可能性がある。ヒトRNase Pの検出は、入院患者と医療従事者の両方のコホートで唾液からの方が優れていたが(図3b)、これだけではウイルス検出が優れているとは言えないかもしれない。さらに重要なことは、入院患者から採取した鼻咽頭スワブ(p = 0.0001、分散のための F 検定)と医療従事者から採取した自己採取の鼻咽頭スワブ(p = 0.0002; 図 3b)からヒト RNase P の検出がより多様であることを発見したことである。我々の結果は、唾液も適切で、おそらくより感度の高い、鼻咽頭スワブの代わりに、無症候性または症候性前の SARS-CoV-2 感染症のスクリーニングのための代替であることを示唆している。


表 2. 医療従事者のコホート

図 3. 唾液は、医療従事者および無症候性症例からの SARS-CoV-2 スクリーニングのための代替手段である。( a ) 医療従事者および入院患者の唾液から測定した SARS-CoV-2 の力価。US CDC "N1 "アッセイを使用したSARS-CoV-2のアッセイ検出限界は、サンプルの5,610ウイルスコピー/mLに対応するサイクルスレッショルド38である(点線と灰色の領域として示されている)。入院患者(左のパネル)または医療従事者(右のパネル)のいずれかからのヒトRNase PのためのRT-PCRサイクル閾値(Ct)値、およびサンプル収集のための内部コントロールを、F検定を使用して分散(入院患者のためのp = 0.0001;医療従事者のためのp = 0.0002)で比較した。生のサイクル閾値を含む、この図を生成するために使用されたすべてのデータは、補足データ1に記載されている。

考察
我々の研究は、唾液が SARS-CoV-2 検出のための鼻咽頭スワブに代わる実行可能で好ましい代替品であることを示している。我々 は、唾液からの SARS-CoV-2 検出の感度は、初期の入院で鼻咽頭スワブより優れていない場合は、同等であり、長期入院と回復の間により一貫性があることを発見した。さらに、陰性の一致した鼻咽頭スワブにもかかわらず、2 人の無症状の医療従事者の唾液から SARS-CoV-2 の検出は、唾液も軽度または不顕性感染症を識別するための実行可能な代替手段である可能性があることを示唆している。さらなる検証では、唾液サンプリングの広範な実装は、公衆衛生の努力のために変革的である可能性がある:唾液自己収集は、医療従事者と患者の相互作用、いくつかの主要なテストのボトルネックと全体的な院内感染リスクのソースのための直接の必要性を否定し、綿棒と個人的な保護具の供給需要を軽減する。

SARS-CoV-2のウイルス負荷は軽症例と重症例で異なるため、本研究の限界は、重症患者が多いCOVID-19入院患者に主に焦点を当てていることである。病院での唾液の有効性をより厳密に比較するには、より多くのデータが必要だが、最近の 2 つの研究からの知見は、無症状の個人と外来患者の両方から SARS-CoV-2 を検出するためのその可能性を裏付けている。COVID-19患者の唾液から感染性ウイルスが検出されているため、無症状前の個人の唾液中のウイルスゲノムコピーと感染性ウイルス粒子の関係を確認することは、無症状感染の動態を理解する上で重要な役割を果たすことになるだろう。

無症候性の個人におけるSARS-CoV-2検出の有望な結果に基づいて、唾液SARS-CoV-2検出アッセイはすでに米国食品医薬品局の緊急使用許可を通じて承認を得ている。 しかし、増大するテストの需要を満たすために、認定された臨床検査室でSARS-CoV-2診断用の唾液を即座に検証および実装する必要性をサポートする。

方法
倫理学
すべての研究参加者は、イェール大学HIC承認のプロトコール#2000027690に従って登録され、サンプリングされた。人口統計、臨床データおよびサンプルは、研究参加者が研究プロトコルを理解し、インフォームドコンセントに署名した後にのみ収集された。すべての参加者情報とサンプルは、研究の識別子に関連して収集された。

参加者登録
入院患者
Yale New Haven Hospital(米国コネチカット州ニューヘイブンにある 1541 床の三次医療センター)に入院した患者で、鼻咽頭および/または口腔スワブ(CDC が承認した測定法)で SARS-CoV-2 が陽性と判定された患者を本研究への登録に招待した。除外基準は、18歳未満の年齢、英語を話さないこと、発熱や呼吸器症状の非感染性の原因、または症状のための呼吸器以外の微生物学的に確認された感染源(消化管、尿、心血管など)の臨床的、放射線学的、実験的証拠があること、およびCOVID-19感染の疑いがないことであった。

医療従事者
COVID-19患者に職業的に曝露された無症状の医療従事者(例:発熱や呼吸器症状がない)は、本試験への登録を求められた。研究への参加により、曝露後の早期発見を確実にし、他の医療従事者および患者をさらに保護するための積極的なサーベイランスが可能となった。

サンプル収集
入院患者
鼻咽頭および唾液サンプルは臨床経過中 3 日ごとに採取した。鼻咽頭サンプルは、BDユニバーサル・ウイルス・トランスポート(UVT)システムを使用して、正看護師が採取した。柔軟性のあるミニチップの綿棒を患者の鼻孔から後鼻咽頭に達するまで通し、分泌物を吸収するために数秒間その場に置いた後、回転しながらゆっくりと取り除いた。綿棒を滅菌したウイルス輸送媒体(総容量3mL)に入れ、しっかりと密封した。唾液サンプルは患者が自己採取した。起床時、患者は、サンプルが採取されるまで、食物、水、および歯磨きを避けるように求められた。患者は、滅菌した尿カップに液体(気泡を除く)が約3分の1になるまで繰り返し唾液を吐いてもらい、しっかりと密閉した。すべてのサンプルは室温で保存され、サンプル採取から5時間以内にエール大学公衆衛生学部の研究室に運ばれた。

医療従事者
医療従事者は、2週間の期間、3日ごとに自己投与の鼻咽頭スワブと唾液サンプルを収集するように求められた。サンプルは、研究室に輸送されるまで+4℃で保管された。

SARS-CoV-2検出
研究室への到着時に、全核酸を、MagMAXウイルス/病原体核酸単離キット(ThermoFisher Scientific)を用いて、製造業者のプロトコルに従って、鼻咽頭スワブからの300μlのウイルス輸送媒体または300μlの唾液全体から抽出し、75μlの溶出緩衝液に溶出させた。SARS-CoV-2 RNA検出のために、5μlのRNAテンプレートを、2019-nCoV_N1および2019-nCoV_N2のための米国CDCリアルタイムRT-PCRプライマー/プローブセット、および抽出コントロールとしてのヒトRNase P(RP)を用いて、以前に記載したように試験した。N1 と N2 の両方のプライマー・プローブセットが検出された場合、サンプルは SARS-CoV-2 の陽性と分類された。ウイルスコピーは、以前に作成したRNA転写物の10倍希釈標準曲線を用いて定量した。N1とN2の結果が比較可能であったので(拡張データ図1)、すべてのウイルスコピーは、N1プライマープローブセットを使用して計算されたものとして示されている。

統計解析
統計解析は「結果」に記載の通り、GraphPad Prism 8.0.0で行った。

謝辞
研究参加者の時間と研究への献身に感謝します。この研究を可能にしたイェール・ニューヘブン病院の臨床チームのメンバー全員に感謝します。また、技術的な議論をしてくれたS. TaylorとP. Jackにも感謝します。

資金調達
この研究はYale Institute for Global Healthから部分的に資金提供を受けた。対応する著者は、この研究のすべてのデータに完全にアクセスすることができ、出版のために提出するかどうかの決定について最終的な責任を負っていた。

拡張データ

拡張データ 図1 US CDC "N1" および "N2" プライマーおよびプローブセットを使用した SARS-CoV-2 検出の一致。Ct = RT-PCR サイクル閾値。点線とグレーの領域は検出限界を示す。


コピーした元の文章(翻訳しやすいように注釈を除いたもの)

Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs

 Abstract
Rapid and accurate SARS-CoV-2 diagnostic testing is essential for controlling the ongoing COVID-19 pandemic. The current gold standard for COVID-19 diagnosis is real-time RT-PCR detection of SARS-CoV-2 from nasopharyngeal swabs. Low sensitivity, exposure risks to healthcare workers, and global shortages of swabs and personal protective equipment, however, necessitate the validation of new diagnostic approaches. Saliva is a promising candidate for SARS-CoV-2 diagnostics because (1) collection is minimally invasive and can reliably be self-administered and (2) saliva has exhibited comparable sensitivity to nasopharyngeal swabs in detection of other respiratory pathogens, including endemic human coronaviruses, in previous studies. To validate the use of saliva for SARS-CoV-2 detection, we tested nasopharyngeal and saliva samples from confirmed COVID-19 patients and self-collected samples from healthcare workers on COVID-19 wards. When we compared SARS-CoV-2 detection from patient-matched nasopharyngeal and saliva samples, we found that saliva yielded greater detection sensitivity and consistency throughout the course of infection. Furthermore, we report less variability in self-sample collection of saliva. Taken together, our findings demonstrate that saliva is a viable and more sensitive alternative to nasopharyngeal swabs and could enable at-home self-administered sample collection for accurate large-scale SARS-CoV-2 testing.

Introduction
Efforts to control SARS-CoV-2, the novel coronavirus causing COVID-19 pandemic, depend on accurate and rapid diagnostic testing. These tests must be ( 1 ) sensitive to mild and asymptomatic infections to promote effective self isolation and reduce transmission within high risk groups; ( 2 ) consistent to reliably monitor disease progression and aid clinical decisions; and ( 3 ) scalable to inform local and national public health policies, such as when social distancing measures can be safely relaxed. However, current SARS-CoV-2 testing strategies often fail to meet these criteria, in part because of their reliance on nasopharyngeal swabs as the widely recommended sample type for real-time RT-PCR.
Although nasopharyngeal swabs are commonly used in respiratory virus diagnostics, they show relatively poor sensitivity for SARS-CoV-2 detection in early infection and are inconsistent during serial testing. Moreover, collecting nasopharyngeal swabs causes discomfort to patients due to the procedure’s invasiveness, limiting compliance for repeat testing, and presents a considerable risk to healthcare workers, because it can induce patients to sneeze or cough, expelling virus particles. The procedure is also not conducive to large-scale testing, because there are widespread shortages of swabs and personal protective equipment for healthcare workers, and self-collection of nasopharyngeal swabs is difficult and less sensitive for virus detection. These challenges will be further exacerbated as the COVID-19 pandemic intensifies in low income countries. Given the limitations, a more reliable and less resource-intensive sample collection method, ideally one that accommodates self-collection in the home, is urgently needed.

Saliva sampling is an appealing alternative to nasopharyngeal swab, since collecting saliva is non-invasive and easy to self-administer. An analysis of nasopharyngeal and saliva concordance for RT-PCR detection of respiratory pathogens, including two seasonal human coronaviruses, suggests comparable diagnostic sensitivity between the two sample types. Preliminary findings indicate that ( 1 ) SARS-CoV-2 can be detected from the saliva of COVID-19 patients and ( 2 ) self-collected saliva samples have comparable SARS-CoV-2 detection sensitivity to nasopharyngeal swabs collected by healthcare workers from mild and subclinical COVID-19 cases. Critically, however, no rigorous evaluation of the sensitivity of SARS-CoV-2 detection in saliva with respect to nasopharyngeal swabs has been conducted from inpatients during the course of COVID-19 infection.

In this study, we evaluated SARS-CoV-2 detection in paired nasopharyngeal swabs and saliva samples collected from COVID-19 inpatients and asymptomatic healthcare workers at moderate-to-high risk of COVID-19 exposure. Our results indicate that using saliva for SARS-CoV-2 detection is more sensitive and consistent than using nasopharyngeal swabs.
Overall, we demonstrate that saliva should be considered as a reliable sample type to alleviate COVID-19 testing demands.

Results
Higher SARS-CoV-2 titers detected from saliva than nasopharyngeal swabs from inpatients
To determine if saliva performs as well as the U.S. CDC recommendation of using
nasopharyngeal swabs for SARS-CoV-2 diagnostics, we collected clinical samples from 44 COVID-19 inpatient study participants ( Table 1 ). This cohort represents a range of COVID-19 patients with severe disease, with 19 (43%) requiring intensive care, 10 (23%) requiring mechanical ventilation, and 2 (5%) deceased as of April 5th, 2020. Using the U.S.
CDC SARS-CoV-2 RT-PCR assay, we tested 121 self-collected saliva or healthcare
worker-administered nasopharyngeal swabs from this cohort. We found strong
concordance between the U.S. CDC “N1” and “N2” primer-probe sets ( Extended Data Fig.
1 ), and thus calculated virus titers (virus copies/mL) using only the “N1” set. From all positive samples tested ( n = 46 nasopharyngeal, 37 saliva), we found that the geometric mean virus titers from saliva were about 5⨉ higher than nasopharyngeal swabs ( p < 0.05, Mann-Whitney test; Fig. 1a ). When limiting our analysis to only patient-matched nasopharyngeal and saliva samples ( n = 38 for each sample type), we found that SARS-CoV-2 titers from saliva were significantly higher than nasopharyngeal swabs ( p = 0.0001, Wilcoxon test; Fig. 1b ). Moreover, we detected SARS-CoV-2 from the saliva but not the nasopharyngeal swabs from eight matching samples (21%), while we only detected SARS-CoV-2 from nasopharyngeal swabs and not saliva from three matched samples (8%; Fig. 1c ). Overall, we found higher SARS-CoV-2 titers from saliva than nasopharyngeal swabs from hospital inpatients.

Table 1. COVID-19 inpatient cohort characteristics

Figure 1. SARS-CoV-2 titers are higher in the saliva than nasopharyngeal swabs from hospital inpatients. ( a ) All positive nasopharyngeal swabs ( n = 46) and saliva samples ( n = 39) were compared by a Mann-Whitney test ( p < 0.05). Bars represent the median and 95% CI. Our assay detection limits for SARS-CoV-2 using the US CDC “N1” assay is at cycle threshold 38, which corresponds to 5,610 virus copies/mL of sample (shown as dotted line and grey area). ( b ) Patient matched samples ( n = 38), represented by the connecting lines, were compared by a Wilcoxon test test ( p < 0.05). ( c ) Patient matched samples ( n = 38) are also represented on a scatter plot. All of the data used to generate this figure, including the raw cycle thresholds, can be found in Supplementary Data 1 . Extended Data Fig. 1 shows the correlation between US CDC assay “N1” and “N2” results.

Less temporal SARS-CoV-2 variability when testing saliva from inpatients
As temporal SARS-CoV-2 diagnostic testing from nasopharyngeal swabs is reported to be variable, we tested longitudinal nasopharyngeal and saliva samples from inpatients to determine which sample type provided more consistent results. From 22 participants with multiple nasopharyngeal swabs and 12 participants with multiple saliva samples, we found that SARS-CoV-2 titers generally decreased in both sample types following the reported date of symptom onset ( Fig. 2a ). Our nasopharyngeal swab results are consistent with previous reports of variable SARS-CoV-2 titers and results: we found 5 instances where a participant’s nasopharyngeal swab was negative for SARS-CoV-2 followed by a positive result during the next collection (5/33 repeats, 33%; Fig. 2b) . In longitudinal saliva collections from 12 patients, however, there were no instances in which a sample tested negative and was later followed by a positive result. As true negative test results are important for clinicians to track patient improvements and for decisions regarding discharges, our data suggests that saliva is a more consistent sample type than nasopharyngeal swabs for monitoring temporal changes in SARS-CoV-2 titers.

Figure 2: SARS-CoV-2 detection is less variable between repeat sample collections with saliva.
(a) Longitudinal SARS-CoV-2 titers from saliva or nasopharyngeal swabs are shown as days since symptom onset. Each circle represents a separate sample, which are connected to additional samples from the same patient by a dashed line. Our assay detection limits for SARS-CoV-2 using the US CDC “N1” assay is at cycle threshold 38, which corresponds to 5,610 virus copies/mL of sample (shown as dotted line and grey area). ( b ) The data are also shown by sampling moment (sequential collection time) to highlight the differences in virus titers between collection points. All of the data used to generate this figure, including the raw cycle thresholds, can be found in Supplementary Data 1.

More consistent self-sampling from healthcare workers using saliva
Validating saliva for the detection of subclinical SARS-CoV-2 infections could prove transformative for both remote patient diagnostics and healthcare worker surveillance. To investigate this, we enrolled 98 asymptomatic healthcare workers into our study and collected saliva and/or nasopharyngeal swabs on average every 2.9 days (range = 1-8 days, Table 2 ). To date, we have detected SARS-CoV-2 in saliva from two healthcare workers who were negative by nasopharyngeal swabs using both the US CDC “N1” and “N2” tests and did not report any symptoms. The saliva from one of these individuals again tested positive alongside a matching negative nasopharyngeal swab upon repeat testing 2 days later. Virus titers from asymptomatic healthcare workers’ saliva are lower than what we typically detect from symptomatic inpatients ( Fig. 3a ), which likely supports the lack of symptoms.

Our limited data supports that saliva may be more sensitive for detecting asymptomatic or pre-symptomatic infections; however, a larger sample size is needed to confirm. As nasopharyngeal swab sampling inconsistency may be one of the potential issues for false negatives ( Fig. 2 ), monitoring an internal control for proper sample collection, human RNase P, may provide an alternative evaluation technique. While human RNase P detection was better from saliva in both the inpatient and healthcare worker cohorts ( Fig. 3b) , this alone may not indicate better virus detection. More importantly, we found that human RNase P detection was more variable from nasopharyngeal swabs collected from inpatients ( p = 0.0001, F test for variances) and self-collected from healthcare workers ( p = 0.0002; Fig. 3b ). Our results suggest that saliva may also be an appropriate, and perhaps more sensitive, alternative to nasopharyngeal swabs for screening asymptomatic or pre-symptomatic SARS-CoV-2 infections.

Table 2. Healthcare worker cohort

Figure 3. Saliva is an alternative for SARS-CoV-2 screening from healthcare workers and asymptomatic cases. ( a ) SARS-CoV-2 titers measured from the saliva of healthcare workers and inpatients. Our assay detection limits for SARS-CoV-2 using the US CDC “N1” assay is at cycle threshold 38, which corresponds to 5,610 virus copies/mL of sample (shown as dotted line and grey area). ( b ) RT-PCR cycle thresholds (Ct) values for human RNase P, and internal control for sample collection, from either inpatients (left panel) or health care workers (right panel) were compared by variances using the F test ( p = 0.0001 for inpatients; p = 0.0002 for healthcare workers). All of the data used to generate this figure, including the raw cycle thresholds, can be found in Supplementary Data 1.

Discussion
Our study demonstrates that saliva is a viable and preferable alternative to nasopharyngeal swabs for SARS-CoV-2 detection. We found that the sensitivity of SARS-CoV-2 detection from saliva is comparable, if not superior to nasopharyngeal swabs in early hospitalization and is more consistent during extended hospitalization and recovery. Moreover, the detection of SARS-CoV-2 from the saliva of two asymptomatic healthcare workers despite negative matched nasopharyngeal swabs suggests that saliva may also be a viable alternative for identifying mild or subclinical infections. With further validation, widespread implementation of saliva sampling could be transformative for public health efforts: saliva self-collection negates the need for direct healthcare worker-patient interaction, a source of several major testing bottlenecks and overall nosocomial infection risk, and alleviates supply demands on swabs and personal protective equipment.

As SARS-CoV-2 viral loads differ between mild and severe cases, a limitation of our study is the primary focus on COVID-19 inpatients, many with severe disease. While more data are required to more rigorously compare the efficacy of saliva in the hospital setting to earlier in the course of infection, findings from two recent studies support its potential for detecting SARS-CoV-2 from both asymptomatic individuals and outpatients. As infectious virus has been detected from the saliva of COVID-19 patients, ascertaining the relationship between virus genome copies and infectious virus particles in the saliva of pre-symptomatic individuals will play a key role in understanding the dynamics of asymptomatic transmission.

Stemming from the promising results for SARS-CoV-2 detection in asymptomatic individuals, a saliva SARS-CoV-2 detection assay has already gained approval through the U.S. Food and Drug Administration emergency use authorization. To meet the growing testing demands, however, our findings support the need for immediate validation and implementation of saliva for SARS-CoV-2 diagnostics in certified clinical laboratories.

Methods
Ethics
All study participants were enrolled and sampled in accordance to the Yale University HIC-approved protocol #2000027690. Demographics, clinical data and samples were only collected after the study participant had acknowledged that they had understood the study protocol and signed the informed consent. All participant information and samples were collected in association with study identifiers.

Participant enrollment
Inpatients
Patients admitted to Yale New Haven Hospital (a 1541-bed tertiary care medical center in New Haven, CT, USA), who tested positive for SARS-CoV-2 by nasopharyngeal and/or oropharyngeal swab (CDC approved assay) were invited to enroll in the research study. Exclusion criteria were age under 18 years, non-English speaking and clinical, radiological or laboratory evidence for a non-infectious cause of fever or respiratory symptoms or a microbiologically-confirmed infectious source (e.g. gastrointestinal, urinary, cardiovascular) other than respiratory tract for symptoms and no suspicion for COVID-19 infection.

Healthcare workers
Asymptomatic healthcare workers (e.g., without fever or respiratory symptoms) with occupational exposure to patients with COVID-19 were invited to enroll in the study. Study participation enabled active surveillance to ensure early detection following exposure and to further protect other healthcare workers and patients.

Sample collection
Inpatients
Nasopharyngeal and saliva samples were obtained every three days throughout their clinical course. Nasopharyngeal samples were taken by registered nurses using the BD universal viral transport (UVT) system. The flexible, mini-tip swab was passed through the patient's nostril until the posterior nasopharynx was reached, left in place for several seconds to absorb secretions then slowly removed while rotating. The swab was placed in the sterile viral transport media (total volume 3 mL) and sealed securely. Saliva samples were self-collected by the patient. Upon waking, patients were asked to avoid food, water and brushing of teeth until the sample was collected. Patients were asked to repeatedly spit into a sterile urine cup until roughly a third full of liquid (excluding bubbles), before securely closing it. All samples were stored at room temperature and transported to the research lab at the Yale School of Public Health within 5 hours of sample collection.

Healthcare workers
Healthcare workers were asked to collect a self-administered nasopharyngeal swab and a saliva sample every three days for a period of 2 weeks. Samples were stored at +4°C until being transported to the research lab.

SARS-CoV-2 detection
On arrival at the research lab, total nucleic acid was extracted from 300 μl of viral transport media from the nasopharyngeal swab or 300 μl of whole saliva using the MagMAX Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation kit (ThermoFisher Scientific) following the manufacturer's protocol and eluted into 75 μl of elution buffer. For SARS-CoV-2 RNA detection, 5 μl of RNA template was tested as previously described, using the US CDC real-time RT-PCR primer/probe sets for 2019-nCoV_N1 and 2019-nCoV_N2 and the human RNase P (RP) as an extraction control. Samples were classified as positive for SARS-CoV-2 when both N1 and N2 primer-probe sets were detected <38 Ct . Virus copies were quantified using a 10-fold dilution standard curve of RNA transcripts that we previously generated. As results from N1 and N2 were comparable ( Extended Data Fig. 1 ), all virus copies are shown as calculated using the N1 primer-probe set.

Statistical analysis
Statistical analyses were were conducted in GraphPad Prism 8.0.0 as described in the Results.

Acknowledgments
We gratefully acknowledge the study participants for their time and commitment to the study. We thank all members of the clinical team at Yale-New Haven Hospital for their dedication and work which made this study possible. We also thank S. Taylor and P. Jack for technical discussions.

Funding
The study was partially funded by the Yale Institute for Global Health. The corresponding authors had full access to all data in the study and had final responsibility for the decision to submit for publication.

Extended data

Extended Data Fig. 1. Concordance between SARS-CoV-2 detection using US CDC “N1” and “N2” primer and probe sets. Ct = RT-PCR cycle threshold. Dotted line and grey areas indicate the limits of detection.

Windows10で、画像とビデオのインポートを呼び出す方法

Windows10では写真の取り込みの際フォトアプリからの取り込みが一般的だが、動作が不安定だったり、ストレージによってはそもそも起動しない時がある。その場合、Windows7までで使われていたような「画像とビデオのインポート」を起動させる方法を書いていく。

Windowsキー+Rで下記コマンドを実行。

rundll32.exe "C:\Program Files\Windows Photo Viewer\PhotoAcq.dll",PhotoAndVideoAcquire 

これで実行できる。

2020年4月30日木曜日

Youtubeプレイリストを埋め込む方法

<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/videoseries?list=プレイリストID" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>

のような形で貼ればOK。

Youtube埋め込みリンクに日本語字幕をデフォルトで付ける方法

埋め込みコードのあとに
?cc_load_policy=1&cc_lang_pref=ja
を付加しすると日本語字幕が表示できる。
(ただし、動画に日本語字幕の用意がある場合)

参考
【Youtube】日本語字幕を表示させる埋め込み方法
https://k144.hatenablog.com/entry/2017/11/11/140029

新型コロナウイルスに対する情報忘備録

自分用のメモとして書いておきます。(最終更新2020年8月27日)

※新型コロナに関する情報は内閣府特設ページ厚労省WHO感染症学会コロナ専門家有志の会等公的機関の発言が信憑性が高い。
WHOより信用できるソースを一般人が手にすることはできない。
 
2020年8月27日追記
 2020年08月16日お馴染み武藤先生の今週のコロナニュース。最近はウイルスの病態が段々分かってきて、完全に新しい発見は少なくなってきているようです。
そして、個人ができる対策は基本に忠実に、3密を避ける、手洗い、フィジカルディスカンス、マスクを守ることが大事なようです。(逆に言えば現段階の科学力で劇的な改善方法はない)
そうするとマスコミさんなんかはインパクトを与えたいからセンセーショナルな表現が増えてくると思いますが、それらに惑わされないように気を付けていきましょう。
 
2020年07月27日時点にて、コロナ第二派を受けてこれまでのコロナの性質振り返りおよび現段階の治療薬などの知見のスライドを出されていました。このスライドで、過去内容もほぼ包含されているので、最近来た人はこのスライドを見ればコロナウイルスの全体像を把握できると思います。本人もおっしゃっていますが、このスライド単体で本にすれば売れるほどの除法量だと思います。(もちろん、ほかのスライドについてもですがこの7月27日版の内容は本当に濃いです)
ページ数は多いですが、それまでの情報が総括されているのでぜひ読んでおくべき内容だと思います↓
https://drive.google.com/file/d/1bZ1Del13I_z1reNz0eCIkQfZFNuMXO14/view?usp=sharing

7月9日に武藤先生のスライドが出ておりました。

 
2020年7月11日追記
6月22日に武藤先生のスライド が出ておりました。接触確認アプリCOCOAについても触れられています。これを入れておけば、万一接触者で通知が来れば早い段階で保健所のサポートも受けられると思うので、入れておいたほうが良いと思います。
名前登録の必要がなく、DSのすれちがい通信のようなもので、接触した相手のIDを記録していくだけの仕組みでプライバシーの心配もほぼないです。国民の6割の利用は無理としても極論、自分と自分の関わる接触者だけが使っていれば良いので、自分の周りでは接触確認アプリを勧めています。
https://www.covid19-taskforce.jp/wp-content/uploads/2020/08/coronanews0622-1.pdf


2020年6月10日追記。
公立陶生病院 感染症内科 武藤義和先生のスライドにて、病院北九州で起きている事とか次亜塩素酸水とかプロ野球選手の微陽性の件とか唾液PCRとか6月10日時点の知見に基づいた正しい情報がとても良くまとまっています↓
https://drive.google.com/file/d/1mw6jG3miUyIVsHzFAYQPmqf6-WGlpXOj/view?usp=sharing

新型コロナウイルスに対して有効性が確認された洗剤一覧がniteより公表されています。(6月1日版)
使用にあたっての手引はこちら。(5月29日版) 
次亜塩素酸水についてのファクトシートはこちら(ページ下部リンク)。

コロナウイルスに関する4月26日時点の知見はこのスライドが非常に良くまとまっております。↓
https://drive.google.com/file/d/1bZ1Del13I_z1reNz0eCIkQfZFNuMXO14/view?usp=sharing

ウイルスそのものに対する基本的な知識はこちら

コロナウイルスに対する日常予防
✔️とにかく石鹸による20秒以上の手洗いを頻回にする事が有効。個人としてできる対策はもう殆どこれの徹底に尽きる。石鹸のほうがエタノールより効果は高い。外出時等石鹸がないとき70%エタノールを使用する。

✔️エタノールより石鹸のほうが効果の高い理由

✔️身近なものに対しては0.05%「次亜塩素酸ナトリウム」を用いる。

✔️3密を避ける(3つとも重なっていなくても集・近・閉のうち一つでも要素があればリスクは有る。もちろん3つ重なった場所が一番リスク高い。)

✔️咳エチケット。肘で押さえる。ティッシュならすぐ捨てて手を洗う。

✔️水うがいは風邪発症を抑える可能性はある(イソジンは入れない)京都大学の研究

✔️マスクを使うなら正しく使わないとダメ。口や鼻を覆って隙間のないようにする。マスクを触らない。外すときも前を触らない。マスクを触ったら手指消毒。アゴマスクをしない。顎から口元に戻すときに顎にあった雑菌やウイルスが口に移動する。

✔️布マスクについては当初WHOは布マスクはいかなる状況でも推奨しないとしていましたが、医療マスクが不足する現状を踏まえて具合の悪い人は布マスクを使用する様にと提言が変わっています。
who.int/docs/default-s 
who.int/docs/default-s
→2020年6月6日マスクに対してWHO、CDC提言大幅修正。
マスクは予防効果もあるし、布マスクでもOKとのこと。


✔️マスクを付けることで口周りに直接触る頻度を減らせる副次効果はあると思われる。

✔️小児のワクチンは先延ばしをしないでスケジュール通りに打ってください。 (子供をより危険な状態に晒すことになる)
https://www3.nhk.or.jp/sapporo-news/20200429/7000020682.html

✔️症状のある人はマスクを使用して、地域のルールに従って医療機関に受診をする。

✔️医療機関で働く人についてはコロナウイルスが疑われる人に接触する時はマスクをする。
新型コロナ情報信頼できるリンクまとめ
■各種情報
・厚生労働省(常にまずここを見ること)
・WHO日本語版

・感染状況
・空き病床数
https://www.stopcovid19.jp/
・COVID-19 重症患者状況
https://covidecmo.txpmedical.com/
・主要都市人流の減少率
https://corona.go.jp/

・お薦め記事(特にマスクと注意場所は必読)
文系女編集者がわかるまで感染症医に聞いた「マスクが新型コロナ予防にならない」理由
https://gendai.ismedia.jp/articles/-/70917
新型コロナ、リスクが高い場所はどこ? 専門家に聞いてみた
https://www.buzzfeed.com/jp/naokoiwanaga/covid-19-wada-3

 ・おすすめ情報源
BUZZFEEDの医療記事
https://www.buzzfeed.com/jp/badge/medicaljp
感染症専門医忽那賢志先生の記事
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/
Twitterで信頼できる情報を発してくれる先生方のリスト
https://twitter.com/i/lists/1237234034045882369
専門家会見動画
https://www.youtube.com/playlist?list=PLi9vlzHUxryRDAtpH0uuzeRno4OwWLTuS
東京に関する会見動画
https://www.youtube.com/playlist?list=PLi9vlzHUxryQWJrOHaFX-_G9HgFrTepHU
 

「次亜塩素酸水」について
食品の洗浄において使われていて厳密な条件を守り使う分には効果が認められると考えられるが、日常使用においてその条件を満たすのが難しい。
具体的には、JIS規格で認められた機器で生成した水を、流水下で使う分には効果があるが、この条件を考えると中々現実的ではない気がする。Amazonなどで次亜塩素酸水生成装置が売っているが実際作ってみるとphが7.5位だったりして明らかにJIS規格を満たしていない。また消毒の有効性も確認のしようがない。


健康情報は下記のステップにおいて検証し、騙されない様にする事。

健康情報の信頼性基準
ステップ1:体験談等ではなく、具体的な研究に基づいているか
ステップ2:研究対象は、実験動物や培養細胞ではなく人か
ステップ3:学会発表ではなく、論文報告か
ステップ4:研究デザインは「ランダム化比較試験」や「コホート研究」か
ステップ5:複数の研究で支持されているか
(内閣府食品安全委員会いわゆる「健康食品」について』より)
以上の判断基準は健康情報を吟味する上で非常に有用なので、是非心がけていただきたい。


コロナウイルスの感染様式

従来のウイルスとの違いなど2020年3月19日時点の知見
前編
後編


PCR検査の意義
感度が低く(偽陰性が多い)、特異度は高い(偽陽性は少ない)ので、繰り返し言われてるように陰性の証明にはならない(真陰性を30%程度は見逃す)。
拡散元を探し出すのに使えるので、クラスターができた際は濃厚接触者を追跡して積極的に検査する必要がある。
既に症状がある場合、肺炎診断の感度が高いCTで肺炎を確認してからPCRで確定診断している場合が多い。ただし、CT器具を消毒する必要があるので回転率は高くはない。
実際のPCR検査で行う咽頭スワブの様子(ややグロ注意。ただしインフルエンザの咽頭スワブも一緒です。偽陰性が高いのはPCRの原理上の問題もありますが、検体採取の際ここまで奥に突っ込んで検体採取できない事もあるからです)
唾液でも検体採取として有効かもしれないという論文があり、これが普及すればだいぶ負担が減りそうです。

抗体検査の意義
抗体検査を考える上で、下記の記事は必読↓
実際のところ日本にどれぐらい感染者がいるの? 続々と出てくる抗体検査の結果の意味
現段階の抗体検査において感度、特異度ともに不明で、少なくとも現段階のキットにおいて特異度は確実にPCRより低いので、偽陽性が出やすい(100%陰性を出すキットなら特異度100%になりますがw)。
ある程度感度・特異度の高い抗体検査キットができれば、どの程度の割合の人に罹患しているのか調べる疫学調査ができる。ただし、今の所抗体ができたからと言って免疫が獲得されているかは解っていない(再感染しないとは言い切れない)。
抗体そのものについての解説は 中外製薬のこのページがわかりやすいです。


社会的影響について
新型コロナは国民の1%弱が同時に罹患すると医療崩壊を引き起こし、人工呼吸器が不足して死亡率は5%に跳ね上がる(イタリアみたいな事が起こる)。
そしてピークカット戦略をして集団免疫を獲得するには最低36ヶ月かかるので、なんだかんだリスクの高い場所を避ける自粛を続ける事が必要。(ただし夏に感染力が弱まる可能性はある)

下記の記事は必読。非常に鋭い考察がされている。
ピークカット戦略(集団免疫戦略)地獄への道は善意で舗装されている

何割かの人が自粛を続けてくれるだけでも感染者ピークを抑えることができることを示す動画。これによりピークカットができ医療崩壊の抑制につながり、死亡率を減らすことができる。 
ただし、ピークカットしたからといって感染者数そのものを減らすことはあまりできず、流行自体は長引いてしまう。(下記のサイトが視覚的にわかりやすい)
https://www.washingtonpost.com/graphics/2020/health/corona-simulation-japanese/

8割削減の意義と緊急事態宣言解除後の戦略について
✔️接触頻度は「自分の接触数」*「相手の接触比率」で決まるので、人流の減少率が8割に達していないからと言って、それだけで目くじらを立てる必要はない。
✔️ただし、一つ大きな罠があり、普段頑張って接触頻度が減っていても、特定の日に人が集中して接触頻度が高くなってしまうとそこでクラスターが大量発生しそれまでの頑張りが水泡に帰してしまう恐れがあるので、警戒を続ける必要がある。
✔️現在、PCRだけでなくNTTの匿名化された携帯電話位置情報などを使い、法的なプライバシー問題をクリアしながら、調査をしている。ただしこれは500m*500mの単位でしか位置情報が出ないので、どうしても限界があるし集合住宅なんかでは高く出てしまう。
✔️緊急事態宣言解除後はより有能な検査・追跡体制を整えてクラスター対策にあたっていく。そのためにはスマホ位置情報の提出が必要になるかもしれないが、プライバシーの問題もあるため議論をしていき、国民との同意が形成されなければならない。

その他個人的に覚えている範囲の専門家会議の意見
新規感染者数ばかりが注目されるが、院内感染のものと市中感染のものは区別して考える必要がある。院内感染者は出歩かないので、それ以上感染が拡大することは考えにくいが市中感染者からは感染が拡大する恐れがある。

ワクチンについて
東京慈恵会医科大学 新型コロナウイルスのウイルス学
今開発が進められているワクチンの殆どは、注射によって体内の新型コロナウイルスに対する中和抗体IgGを産生させるもので、感染は予防しないが重症化は防ぐといったものになりそう。
ウイルスは一般的に、「感染したウイルスの量と疾患の発症や重症度が相関する」という性質があり、人と人との距離をとることは、感染時のウイルス量を減らす効果がある。
できれば少ないウイルスに感染して、あまり強い症状を出さずに免疫だけ獲得したい。現在日本で行われている緩い外出制限は、理にかなっていると思われる。
↑2020年6月5日訂正。ヒトでのSARS-Cov2暴露量とCovid-19の重篤化のエビデンスは出ていない模様。

おまけ
BCGについて
https://link.medium.com/5UqceXHv15


今後の政策について
今日本がどのような戦略に基づいて対策を打っているのか、今後どうしていくべきかを考える上では、少なくとも下記の内容を理解しておく必要がある。というかサトウヒロシ氏凄いです@satobtc
コロナ出口戦略の指針ー緊急事態宣言解除基準の考え方、経済と命を両立させる方法(必読)
https://link.medium.com/TRTjOGDBe6
コロナ第三の道。R=1持久戦略の概要と考え方。
https://link.medium.com/2q7qy6Ui45
新型コロナ、今後のシナリオ(サトウヒロシ)
https://link.medium.com/HaHEDSWQg5
日本もハーバード大のコロナ対策案を大至急検討すべきだ
(プライバシーや経済に配慮しながら早期発見、隔離していくという話)
https://link.medium.com/xx7VFagaZ5 


以下個人的見解
✔️少なくとも数年はコロナ以前の世界に戻りそうにない。アフターコロナの世界に合わせた日常を作っていく必要がある。
✔️封じ込めに成功したアジアの先例を見るに、命を守れる国が経済も守れるというのが真理だと思う。(一度増えてしまった感染者を減らしていくのには膨大な検査やクラスター追跡をしたり、強い自粛要請を出して経済を止めないといけないので莫大なコストがかかるので、新規感染者を0付近で管理するほうがコストが安い)
✔️封じ込めをし続けるにはインバウンドや3密ビジネスを諦め、検査・追跡・隔離を徹底する必要があるが、その中でもある程度経済は回せそうだし今現在(2020年4月)ほどの自粛はしなくて済む。
✔️コロナとの共存は敗北した後しかたなく起きてしまうことで、まずは封じ込めを目指したほうがトータルの社会的コストは安く済みそうだしグリーン経済圏で交易ができるようになる。
✔️自粛解除→緊急事態宣言の繰り返しをすると経済はズタボロになる(緩和で生み出せるコストより抑制にかかるコストのほうが大きいため)。

2020年4月23日木曜日

iVCAMで、iPhoneをUSBWebカメラとして使う方法(マイク対応)

最近、リモートワークが増えているせいかWebカメラの入手性が非常に困難になってきている。ただ、iPhoneをかなり実用性高くWebカメラとして使える方法があったためここで紹介する。

まず、iVCAMのサイトに行きWindows用クライアント及びスマートフォン用アプリをダウンロードする。
PCクライアント、iOSアプリ
https://www.e2esoft.com/ivcam/
PCクライアント直リンク
https://www.e2esoft.com/download/ivcam-x64-mirror
iOSアプリダウンロードページ
https://apps.apple.com/jp/app/ivcam-%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%AB%E3%83%A1%E3%83%A9/id1164464478

次に、必要な人はサウンドミキサーをインストールする(これをしないとiPhoneカメラからの音声が入らない。Bluetoothヘッドセット使う場合は要らない)
https://www.e2esoft.com/vsc/
サウンドミキサー直リンク(有料版19$ライセンス認証しないと音声チャットの際「Trial Version」と音が入る)
https://www.e2esoft.com/download/vsc

全てをインストールしたら、Windowsのスタートメニュー→設定→システム→サウンドを開き、出力は今まで通りのスピーカーを(e2eAudio VAudioではない)設定し、入力の方はe2eSoft VAudioのものに設定する(人によっては2つ出てくるがどちらでもいい)。別にマイク(Bluetoothヘッドセットなど)使う人はそちらを指定すればOK。

その後、iPhoneとPCをUSBで繋ぎ、PC側でe2esoft iVcamを起動する。
右下の三→オーディオ再生用デバイスでSpeaker(e2eSoft VAudio)を選択。別にマイク(Bluetoothヘッドセットなど)使う人はそちらを指定すればOK。

その後、iPhoneでiVcamを起動すれば、Webカメラとして使える。
PCクライアントソフトの三→PC側の設定からでも、iPhoneの画面からでも画質、音質を設定できる(マイクとしても使うなら音声を有効化にする必要がある)。

あとはLINEなりSkypeなりZOOMなりを立ち上げて、ビデオチャット開始すればiPhoneをWebカメラとして使用できる。
無料版だと画質が悪く、音も「Trial Version」と入ってしまうが、有料版ライセンスを購入すれば高画質で使えるので、ぜひ買ったほうがいいと思う。Webカメラを買うより安く、高画質なWebカメラとして使えるので。(これでzoomすると殆どの人より綺麗に映ります。)

このソフトはUSB経由でもWifi経由でも使えるが、USB経由で使えばほぼタイムラグがなく本物のWebカメラと変わらない画質、音質ラグのなさで使えるのでUSB接続で使うことをおすすめする。
また、設定からポートレートモードを使用すれば縦持ちで、横長モードをすれば横長で使え、どちらでも使えるので非常に重宝している。

2020年4月16日木曜日

マザーボードのWi-Fiモジュールを交換する方法


私はMini-ITXのH310CM-ITX/acをマザーボードに使用しており、Wi-Fi、BluetoothモジュールともにもともとこのマザーボードについていたAC3160を使っていたが、いまいちBluetoothが不安定で、マウスがカクついたりキーボードの入力ができなくなったりすることが多々あり、苛立ちを覚えていた。

そこでモジュールをインテル® Wi-Fi 6 AX200に換装したのだが、
今までの不安定さが嘘のように解消され、マウスはぬるぬる動き、キーボードの入力も安定して受け付けるようになった。

また、Wi-Fiも早く、Youtubeでシークバーから場面移動が明らかに早くなり、本当に交換して良かったと思った。今までの微妙なラグが解消され、快適そのものだ。

やはり安物の3160とは違う。今すぐこの商品に換装すべきだ。

換装手順は下記のとおりで、
まず、マザーボードを取り出し、
Wi-Fiモジュール背面にあるネジを外し、Wi-Fiモジュールを取り外す。
そして、Wi-Fiモジュールのカバーのネジを外し、蓋を開ける。








そうしたら、モジュールを交換し、あとは元通りにセットし、ドライバを入れれば完了。

V6プラスのインターネットならNECルーター一択という話。

私はとくとくBBのV6プラスで光ファイバーのインターネットを使っており、最初エレコムの無線LANルータWRC-2533GST2

https://kakaku.com/item/K0001095003/
をレンタルしていたのだが、どうもIPoE認証に不具合があるのか、インターネットの接続が不安定で繋がらない事が多かった。(LANとしては使える)
仕方がなく、IPoE対応無線LANルーターを探し、次にTP-LinkのArcher A10

https://kakaku.com/item/K0001215737/
を使ったのだが、これはV6プラスではポート開放ができないという致命的な欠点があり、サーバーを置いている身としては使えなかった。(このあたりしっかり明記しておいてほしい。当初はファームウェアアップデートで対応予定とのことだったが、私がメールで問い合わせた際は、もうアップデートでの対応予定も無いとの回答だった)

結局、やや足元見られてるような価格のNECのルーター
Aterm WG2600HP3 PA-WG2600HP3
https://kakaku.com/item/K0001059859/
を買って、無事安定したインターネット環境が整った。当然ながらポート開放もできた。
IPoEの策定に関わっているからか、NECの安定性が高いのは確かだが、この独自規格のせいで海外ルーターは対応してくれないし、国内もNECのものしか実質使い物にならないのでなんだかなぁ。と思う。

2020年1月27日月曜日

WinSshFsを使い、SSHサーバーをWindowsでネットワークドライブとしてマウントする方法。

WinSshFsで公開鍵認証のSSHサーバーに接続する方法

Puttyで生成した鍵はAES-256-CBCで出力されるが、win-sshfs(Dokan .Net library)はDES-DES3-CBCでないと読み込めないため、変換する必要がある。
そのままの鍵を使おうとすると
test could not connect:Invalid private key file.
とエラーが出てしまう。

変換はまずPuttyGenを起動し、作成した鍵ファイルを読み込む。
そして、Conversions→Export OpenSSH keyを選択し、秘密鍵を出力する。(ここではaes_newkeyとする)

そのファイルをサーバーに安全な方法でアップし(opensslが入った環境ならどこでも良い)、サーバー上で下記コマンドを実行する。
$ cat aes_newkey | openssl rsa | openssl rsa -des3 > des3_newkey
コマンド入力時にパスフレーズの入力を求められるため任意の文字列を入力する。
そして出力されたdes3_newkeyをローカルマシンに持ってきて、WinSshFSのSshfs Managerで図のように設定する。そうしてSAVEしてMountすれば任意のドライブレターにローカルドライブのようにSFTP環境でマウントできる。

参考:
win-sshfsで鍵を使ってログインする方法
Windows10からLinuxにSSHで接続し、ネットワークドライブとしてマウントして使うとすごく便利だった